В 1829 году в ходе Кавказской войны русское командование заложило новую Зеленчукскую оборонительную линию по реке Большой Зеленчук, которая стала основой для более прочного занятия среднего и верхнего течения Большого и Малого Зеленчука уже в конце 1850-х годов. Зеленчукская линия была направлена, прежде всего, против так называемых «беглых» кабардинцев, ушедших в Закубанье для продолжения борьбы с русскими войсками. Согласно описанию подполковника барона К. Ф. Сталя от 1852 года, она не являлась сплошной кордонной линией и состояла лишь из укрепления Надежинского (ныне станица Сторожевая), поста Большерского (район нынешнего хутора Ново-Исправненского) и укрепления у Каменного моста через Большой Зеленчук (чуть выше современной станицы Исправной). На тот момент предполагалось также возвести укрепление на реке Маруха для установления сообщения Надежинского с Баталпашинской.
Существует мнение, что в 1855 году на месте теперешней станицы Кардоникской была поставлена казачья застава. На заставе якобы служило 17 казаков во главе с польским офицером, сосланным на Кавказ после Польского восстания 1830 года. В 1857 году казакам разрешили выписать семьи (утверждается, что из Воронежской губернии). В числе первых казачьих семей на месте будущей станицы якобы проживали Нагубные, Дёмины, Бедаевы, Малютины и другие. Застава относилась к 5-ой Хопёрской бригаде генерал-майора Р. К. Васмунда из состава Кавказского линейного казачьего войска (в реальности Р. К. Васмунд командовал Хопёрской бригадой лишь до декабря 1853 года).
В истории Литовского пехотного полка, занимавшегося в 1859 году основанием и строительством новой казачьей станицы Кардоникской, однако, не содержится упоминаний о существовании более ранней заставы на этом месте. Гористая местность в окрестностях по воспоминаниям была покрыта лесами с дикими зверями, не избалованными вниманием человека (особо упоминаются медведи и «чекалки» — шакалы). Строительство Кардоникской началось 19 апреля 1859 года силами 3-го батальона Литовского полка, устройством вала вокруг строящейся станицы заведовал подпоручик Бонч-Осмоловский. В конце мая в Кардоникскую прибыл батальон Севастопольского пехотного полка, сменивший в июле литовцев, убывших к новому месту дислокации в Мелитопольский уезд.
Есть несколько версий объяснения названия станицы Кардоникской (первоначально — Кордоникской). Первая связывает его с названием реки, на берегах которой возникло поселение — Кардоник (Кордоник или Кардамык). Вторая — с фактом существования на месте станицы вышеупомянутого казачьего кордона (отсюда, возможно, возникло и имя реки). В период Кавказской войны между станицами устанавливались посты, или кордоны, обнесённые рвом и земляным бруствером и имевшие четырёхугольную форму в плане. При этом название реки также может возводиться якобы к аланскому «кармдон» (осет. хъарм дон — «тёплая вода»).
В окрестностях имелось несколько сторожевых и наблюдательных постов: Аксаутский — южнее Кардоникской (в разное время находился в двух разных местах к югу от станицы), Джарский — восточнее Кардоникской, Мостовой — у моста через Малый Зеленчук к северу от станицы. На западном берегу Марухи, в направлении на станицу Зеленчукскую, была построена сторожевая башня.
Вторая половина XIX — начало XX века
При заселении станицы в Кардоникской было поселено 3 офицерских семьи, 59 семей линейных казаков, 47 — донских, малороссийских семей — 78, нижних чинов регулярного войска — 117 семей. По данным 1873—1874 годов численность населения составляла 2473 человека. В 1882 году — 3084 человека.
В военном отношении станица Кардоникская первоначально была приписана ко 2-му Урупскому казачьему полку, сформированному в 1858 году. В 1870 году вошла в Хопёрский полковой округ, в котором базировался Хопёрский 1-й казачий полк (бывший 1-й Урупский, затем 18-й конный полк). С 1869 года входила в Баталпашинский уезд, с 1888 года — Баталпашинский отдел Кубанской области.
В этот период станица Кардоникская была окружена рвом в 4-5 м шириной и 2-3 м глубиной. Внутри этой территории жили коренные станичники, а снаружи — пришлые люди из разных регионов Российской империи. Этот ров защищал от нападения горцев. Станицу с запада на восток изначально прорезывали две, а затем семь улиц: это нынешние Международная (ранее Широкая), Комсомольская, Октябрьская, Красная, Кооперативная (ранее Грязная), Калинина и Первомайская. Две очень широкие улицы, Международная и Первомайская, до 1920-х годов были южной и северной границами станицы соответственно. За проезжей частью улиц был выкопан ров в 6 аршин шириной и 2,5 аршина глубиной. За рвом на валу стоял частокол (также есть неподтверждённая информация о высокой, до 2 м, облепиховой изгороди). Впоследствии рвы засыпали, частоколы убрали, валы разровняли, и образовались две широкие улицы.
Имела Кардоникская и свои неофициальные названия улиц и районов: Ласкирь, Чичикин курган, Батарея, Щавли, Безбожное, Хворостяны, Капустяны, Глухая и другие. Станица делилась на 4 части. Линиями раздела были две центральные улицы — нынешние Красная (идёт с запада на восток) и Ленина (идёт с севера на юг). Юго-западная четверть в народе именовалась «убых», то есть — казаки, настоящие разбойники, а также «щавли» — по бытовым признакам, так как там больше всех и чаще всех варили борщ со щавелем. Юго-восточная часть именовалась «хворостяне», северо-западная — «капустяне», последняя, северо-восточная часть — «хохлы», поскольку здесь поселились в основном малороссийские семьи. Расширение станицы Кардоникской «за ров», как раз с возникновением «хворостян», «капустян» и прочих началось ещё до Октябрьской революции.
Станичники верхне-кубанских станиц давали прозвища жителям других станиц:
Кардоникская — «пушкари» и «кардонцы»;
Зеленчукская — «кугуты» и «сапетошники»;
Исправная — «желтоухие»;
Преградная — «каешники»;
Сторожевая — «колдуны» и «шестилюшники».
Энциклопедический словарь Ф. А. Брокгауза и И. А. Ефрона, описывая станицу Кардоникскую, приводит дореволюционные статистические данные: «жителей — 3757, церковь, школа, лавок — 4, мельниц — 8». В 1899 году в дополнение к церковно-приходской была открыта начальная школа, почётным блюстителем был урядник Иван Захарович Резниченко, законоучителем — священник Николай Васильевич Бондаревский, учителем — Николай Тимофеевич Прокудин. До революции в станице были мельницы Федоршина, Павлова, Сагайдакова, два маслосырзавода (владелец — Студенцев), маслобойня Нагубного. Размер казачьих земельных наделов в Кардоникской, наряду с некоторыми другими станицами, находился в пределах от 1,4 десятины до 12,6 десятин на душу мужского пола. Среди жителей станицы было распространено отходничество.
Описание окрестностей станицы в конце XIX века оставил епископ Ставропольский и Екатеринодарский Владимир (Петров) в своих путевых заметках, посвящённых его путешествиям по епархии (1886—1887 годы).
Гражданская война
Советская власть в Баталпашинском отделе была окончательно установлена в марте 1918 года. Уже в мае-июне в западных станицах отдела начинают свои действия повстанцы полковника А. Г. Шкуро. Во второй половине июня восстание охватило север и запад отдела, однако первоначально было разгромлено, попытки Шкуро опереться на мобилизационный потенциал южных станиц отдела (район Преградной—Зеленчукской) не имели успеха.
В августе А. Г. Шкуро, после июльского налёта на Ставрополь установивший координацию с Добровольческой армией А. И. Деникина, вновь появился на Верхней Кубани для расширения казачьего и горского повстанческого движения. В сентябре им была занята станица Баталпашинская, затем, постепенно, почти вся территория Баталпашинского отдела. Бои на западе и севере отдела, в связи с контрнаступлением красных войск, продолжались в декабре 1918 и начале января 1919 года. Во власти деникинцев горские аулы и казачьи станицы находились до весны 1920 года. А. Г. Шкуро был избран «почётным стариком» станицы Кардоникской и ещё нескольких станиц Баталпашинского и Лабинского отделов.
Летом 1920 года Кардоникская и другие горные станицы отдела, как и горный Карачай, стали базой для повстанческой армии генерал-майора М. А. Фостикова, сумевшего ненадолго укрепиться на Верхней Кубани после развала единого белогвардейского фронта на юге России. Первый бой с красноармейскими частями произошёл 4 июля между Кардоникской и Красногорской. 9 августа, в период активного наступления сил Фостикова в Лабинском и Майкопском отделах, в станице Баталпашинской Реввоенсовет 9-й армии РККА и ревком Баталпашинского отдела выпустили приказ-воззвание:
«В ответ на предательский удар кардоничан в спину трудящихся: содействие белым бандам в борьбе с Рабоче-Крестьянской Россией, снабжение белых продовольствием, участие с белыми в нападении на красноармейские части, находящиеся в Баталпашинском отделе, особоуполномоченный Реввоенсовета 9-й армии на основании данных ему чрезвычайных полномочий, постановляет:
1. Станицу Кардоникскую, как пособницу белогвардейцам, враждебную Советской власти, высказавшую эту враждебность в активном содействии белогвардейцам в их борьбе против Советской власти, уничтожить.
2. Населению станицы, сочувствующему Советской власти, со своим имуществом немедленно явиться в Баталпашинск для размещения на бывших частновладельческих экономиях и советских хозяйствах: желающим же остаться — заявить Революционному комитету.
3. Всем населённым пунктам района станицы Кардоникской, под страхом участи кардоничан, доставить в Баталпашинск в распоряжение Революционного комитета весь скот и имущество, увезённое из станицы и находящееся у них.
4. Всем населённым пунктам Баталпашинского отдела и его района, под страхом строгой ответственности, не давать приюта каинам Советской власти — кардоничанам, а последним со всем имуществом немедленно явиться с повинной головой к Советской власти. В противном случае они будут беспощадно уничтожаться, где бы они ни были застигнуты войсками…»
В конце августа и сентябре М. А. Фостиков через горы ушёл к побережью Чёрного моря, откуда эвакуировался в Крым.
Советский период
В 1933 году в Кардоникской были поселены голодающие из разных регионов России (прежде всего, с территорий будущего Краснодарского края). До Великой Отечественной войны в Кардоникской существовал завод стерлинг-шлангов (электроизоляционных трубок), затем переименованный в канатный. В 1952 году на его базе был открыт завод «Электроизолит». В период немецкой оккупации в годы войны в Кардоникской у местных жителей были спрятаны раненые советские военнопленные, тайно переправленные сюда из Микоян-Шахара усилиями хирурга П. М. Баскаева в связи с угрозой их расстрела гитлеровцами перед началом немецкого отступления с Кавказа